Στην απόφαση Ίδρυσης κάθε Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ρυθμίζεται ο τρόπος αξιολόγησης, που δύναται να περιλαμβάνει τη διενέργεια εξετάσεων, την αξιολόγηση φακέλου και την προσωπική συνέντευξη, καθώς και τη διαδικασία επιλογής των υποψηφίων.