Στον Κανονισμό Διδακτορικών περιλαμβάνεται η διαδικασία υποβολής και αξιολόγησης των αιτήσεων και οι προθεσμίες υποβολής τους, καθώς και οι όροι και η διαδικασία απαλλαγής, εν όλω ή εν μέρει, από την υποχρέωση παρακολούθησης του προγράμματος μαθημάτων διδακτορικών σπουδών.

Η Συνέλευση του Τμήματος κατηγοριοποιεί τις υποβληθείσες αιτήσεις με βάση την συνάφεια του ερευνητικού αντικειμένου, και ορίζει μία τριμελή επιτροπή ανά κατηγορία αιτήσεων (Επιτροπή Αξιολόγησης Υποψηφιοτήτων). Η ανωτέρω επιτροπή, που αποτελείται από μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος, εξετάζει τις αντίστοιχες αιτήσεις και τα συνυποβαλλόμενα έγγραφα και καλεί τους υποψηφίους σε συνέντευξη. Κατόπιν υποβάλει στη Συνέλευση του Τμήματος αναλυτικό υπόμνημα, στο οποίο αναγράφονται οι λόγοι για τους οποίους κάθε υποψήφιος πρέπει ή δεν πρέπει να γίνει δεκτός, καθώς και τον προτεινόμενο επιβλέποντα, εφόσον αυτός δεν έχει προταθεί από τον/την υποψήφιο/α.

Η Συνέλευση του Τμήματος, αφού λάβει τη γνώμη του προτεινόμενου επιβλέποντος, τη συνεκτιμά με το υπόμνημα της επιτροπής και εγκρίνει ή απορρίπτει αιτιολογημένα την αίτηση του/της υποψηφίου/ας. Στην εγκριτική απόφαση ορίζεται και η γλώσσα συγγραφής της διδακτορικής διατριβής.

Η Συνέλευση του Τμήματος, εφόσον κρίνει ότι ο υποψήφιος πληροί τις προϋποθέσεις για εκπόνηση Διδακτορικής Διατριβής, ορίζει Τριμελή Συμβουλευτική Επιτροπή (Τ.Σ.Ε.), η οποία απαρτίζεται από τον Επιβλέποντα και δύο ακόμη μέλη, με αρμοδιότητα την υποστήριξη του υποψήφιου διδάκτορα κατά τη διαδικασία εκπόνησης και συγγραφής της διδακτορικής διατριβής και την παρακολούθηση της προόδου της.