Η οικονομική διαχείριση της δωρεάς για τη λειτουργία της επώνυμης έδρας πραγματοποιείται από τον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.). Οι δαπάνες λειτουργίας της έδρας δύνανται να καλύπτονται από το κεφάλαιο ή από τις αποδόσεις των επενδύσεων του κεφαλαίου της δωρεάς.